Berdasarkan Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia nomor : M.HH10.OT.01.01 Tahun 2016 tanggal 15 Juli 2016 Tentang Pembentukan Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIA Pekanbaru, Denpasar, Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIB Padang, Jambi, Bengkulu, Yogyakarta, Manado, Batam dan Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas III Pangkal Pinang, Mataram, Gorontalo, Palu, Kendari, Ambon, Ternate, Jayapura, Manokwari. Maka pada tanggal 21 Desember 2016 Kepala Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Sulawesi Tenggara melantik Kepala Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas III Kendari dan Pejabat Struktural Eselon V. Rita Ribawati, S.H sebagai Kepala Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas III Kendari, Abdi Amin, S.H Kepala Urusan Tata Usaha, Muh. Arafad, S.H Kepala Satuan Pengamanan Lapas, Nuryati Yusuf, S.H Kepala Subseksi Pembinaan dan Hasnah Tang, S.H sebagai Kepala Subseksi Admisi dan Orientasi.

Pada awal terbentuknya, Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kendari lokasi kantor bertempat di Jalan Kapt. Pierre Tendean No. 1B Baruga - Kendari, terdiri dari bangunan rumah dinas Lapas Kelas IIA Kendari yang difungsikan sebagai Kantor dan Blok Warga Binaan Perempuan berada dalam lingkungan Lapas Kelas IIA Kendari. Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas III Kendari mulai beroperasi tanggal 1 Februari 2017, dan pada tanggal 17 Februari 2017 Lembaga Pemasyarakatan Kelas IIA Kendari secara resmi menyerahkan 34 Warga Binaan Pemasyarakatan pada Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas III Kendari. Dalam rangka memenuhi kebutuhan organisasi, 17 orang pegawai dari berbagai unit pelaksana teknis pemasyarakatan dipindahkan ke Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas III Kendari untuk menunjang operasional kantor.

Pada tanggal 14 Januari 2020 Lembaga Pemasyarakatan Perempuan resmi menempati kantor baru yang beralamat di Jalan Poros Nanga-Nanga No.- Kel. NangaNanga Kec. Baruga Kendari dengan kapastitas blok warga binaan 324 orang. Sampai sekarang Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas III Kendari menjadi tempat pembinaan warga binaan perempuan dan penitipan tahanan dari seluruh wilayah Sulawesi Tenggara.